Hải Phòng là cửa ngõ của Bắc Bộ, cũng là địa điểm có nhiều ý nghĩa cả về kinh tế lẫn chủ quyền quốc gia của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa mới thành lập. Thuế thương mại ở cảng Hải Phòng là nguồn thuế khả quan đối với ngân sách eo hẹp của chính quyền Việt Nam.[11] Theo Hiệp ước Pháp – Hoa ký kết ở Trùng Khánh (28 tháng 2, 1946), Pháp cho Trung Hoa Dân Quốc có đặc quyền với quy chế cảng tự do nhưng phía Việt Nam không thừa nhận hiệp ước này. Mặt khác, Hải Phòng là điểm chốt của tuyến đường sắt Hải Phòng – Vân Nam cũng như con đường số 5 nối Hải Phòng – Hà Nội – Lạng Sơn. Làm chủ Hải Phòng, quân Pháp để có thể đón lực lượng tăng viện từ Sài Gòn, đồng thời kiểm soát trục giao thông nối liền Hải Phòng với sân bay Gia Lâm và Hà Nội.[12]

Ngày 1 tháng 3 năm 1946, Tổng chỉ huy Quân đội viễn chinh Pháp vùng Viễn Đông Philippe Leclerc chỉ huy hạm đội từ Sài Gòn ra Hải Phòng. Đồng thời, Leclerc chỉ đạo Jean Sainteny cố gắng đàm phán với chính phủ Việt Nam để đạt được thỏa thuận để thay thế Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc mà không vấp phải sự kháng cự, chống đối nào từ phía người Việt Nam giống như ở miền Nam Việt Nam.[6]

Ngày 5 tháng 3 năm 1946, hạm đội Pháp tới Vịnh Bắc Bộ. Quyền Tư lệnh Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc ở miền Bắc Việt Nam Chu Phúc Thành không chấp nhận việc quân Pháp tiến vào miền Bắc Việt Nam, đồng thời đe dọa nếu quân Pháp đổ bộ thì quân Trung Hoa sẽ nổi súng. Lý do được Chu đưa ra là Hiệp định là do Bộ Ngoại giao ký với Pháp, nhưng quân đội vẫn chưa nhận được lệnh từ Bộ Tổng tham mưu ở Trùng Khánh. Theo phía Việt Nam, thì các tướng lĩnh Trung Hoa Dân Quốc thực chất chỉ muốn kéo dài thời gian ở lại Việt Nam để tiếp tục vơ vét của cải.[6]

Sáng 6 tháng 3 năm 1946, hạm đội Pháp do Philippe Leclerc chỉ huy tiến vào cảng Hải Phòng. 8h30, quân Pháp tiến đến cửa sông Cấm. Quân Trung Hoa Dân Quốc đóng ở dọc sông nổ súng. 15 phút sau, quân Pháp bắn trả. Kho đạn của quân Trung Hoa ở cảng bị bốc cháy. Một số tàu Pháp bị bắn thủng. 60 binh sĩ Pháp bị chết và bị thương. Chiến sự kéo dài đến 11h trưa.[13] Điều này nằm ngoài dự kiến của các tướng lĩnh Trung Hoa Dân Quốc, khiến những người này phải ngỏ ý với chính phủ Việt Nam sớm đạt thỏa thuận với Pháp.[14] Tối hôm đó, Hiệp định Sơ bộ được ký kết với sự thỏa thuận của hai bên Pháp – Việt. Theo đó, quân Pháp mới đủ điều kiện để vào bắc vĩ tuyến 16.[6][15][16][17] Ngày 7 tháng 3, Chủ tịch Chính phủ Hồ Chí Minh đã phát biểu về tình thế ở Hải Phòng trong một cuộc mít tinh ở Nhà hát Lớn Hà Nội, khuyên người dân bình tĩnh, không mắc mưu "của bọn tay sai phản động", thực hiện tốt chủ trương "Hòa để tiến".[18] Buổi tối cùng ngày, Chủ tịch Kháng chiến Ủy viên Hội Võ Nguyên Giáp đến Hải Phòng, bàn bạc với Bí thư Thành ủy Lê Quang Đạo về các vấn đề chính trị – quân sự của thành phố, cũng như việc giao thiệp với quân đội Pháp trong những ngày tiếp theo. Đến sáng 7 tháng 3, Võ Nguyên Giáp về Hà Nội, bàn giao công việc cho Phan Mỹ.[19]

Ngày 18 tháng 3, sau khi quân Trung Hoa Dân Quốc rút đi, Leclerc dẫn 1.200 quân từ Hải Phòng lên Hà Nội. Cũng vào ngày hôm đó, quân đội Pháp bắt đầu có những hành động vi phạm thỏa thuận đạt được trước đó như chiếm đóng các vị trí quan trọng ở Hải Phòng (và cả Hà Nội) như Sở thuế quan, Ngân hàng,...[18] Cảng Hải Phòng gần như bị tàu chiến Pháp đóng ở vịnh Bắc Bộ phong tỏa.[20] Chính phủ Việt Nam tổ chức nhiều cuộc mít tinh, biểu tình, bãi công để phản đối các hành động vi phạm Hiệp định Sơ bộ.[18]

Tháng 7 năm 1946, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cử một phái đoàn do Phạm Văn Đồng làm Đoàn trưởng, có sự đồng hành của Chủ tịch Hồ Chí Minh sang Pháp đàm phán ở Fontainebleau. Bất chấp cuộc đàm phán đang diễn ra, những tướng lĩnh Pháp ở Đông Dương tìm cách can thiệp vào vấn đề thuế quan ở cảng Hải Phòng, ngầm ủng hộ những người buôn bán nước ngoài trốn đóng thuế cho Sở thuế quan của Việt Nam.[21] Tháng 8, nhân viên thuế quan Việt Nam bắt giữ một ngoại kiều buôn thuốc lá lậu cùng một số tiền chưa được phép lưu hành. Ngày 15 tháng 8, người Pháp can thiệp, yêu cầu thả người và trả lại số hàng, cũng ra thông báo cho chính quyền Việt Nam:

Hải Phòng là một cửa biển liên bang, chỉ người Pháp mới có quyền kiểm soát thuế quan. Quân đội Pháp sẽ không để yên những vụ tịch thu, khám xét người nước ngoài. Nếu những việc trên cứ tiếp tục xảy ra thì quân đội Pháp sẽ can thiệp bằng quân sự.

Phía Việt Nam không chấp nhận và cho rằng đó là những đòi hỏi vô lý. Mấy ngày sau, tàu Hải Âu của Sở thuế quan Hải Phòng bị quân Pháp bắt giữ. Ngày 29 tháng 9, chỉ huy quân đội Pháp ở Hải Phòng là Đại tá Pierre Debès cho xe tăng, xe bọc thép yểm hộ bao vây Nha thương chính và trạm công an ở bến cảnh, cho quân chiếm đóng hai địa điểm, bắt giữ cảnh binh và thu giữ hàng hóa. Phía Việt Nam điều bộ đội tới, nổ súng xảy ra. Đến khi Ty liên kiểm Việt – Pháp Hải Phòng đến dàn xếp, hai bên mới ngừng bắn và phía Pháp đồng ý thả lại những người bị bắt, rút khỏi hai địa điểm. Nhiều cuộc biểu tình phản đối nổ ra.[22]

Tháng 9 năm 1946, Cao ủy Thierry d'Argenlieu ra lệnh cho Ủy viên Cộng hòa Pháp ở Bắc Kỳ là Louis Morlière phái thiết lập quyền kiểm soát thuế quan ở Hải Phòng kể từ ngày 15 tháng 10.[23] Ngày 9 tháng 10, quân Pháp cho xe tăng, xe bọc thép bao vây các cơ sở của công an thành phố, cản trở hoạt động của Sở thuế quan. Chính quyền Việt Nam tiếp tục phản ứng bằng các biện pháp hòa bình như bãi công, bãi thị.[18] Bất chấp Hiệp định Sơ bộ lẫn Tạm ước mới ký ngày 14 tháng 9, phía Pháp tự ý đơn phương quy định nhiều thứ hàng xuất cảng của Việt Nam phải được Pháp cho phép.[23]

Để xoa dịu tình hình, ngày 20 tháng 10, ngay khi cập bến Ngự (Hải Phòng) sau chuyến thăm Cộng hòa Pháp,[24] Chủ tịch Hồ Chí Minh đã đề nghị tổ chức một trận bóng đá giao hữu giữa tuyển Hải Phòng với các thủy thủ Pháp trên chiến hạm Dumont d'Urville. Trận đấu diễn ra vào ngày 21 tháng 10, kết thúc với tỉ số hòa 1–1. Những lo ngại về an ninh đã không xảy ra.[25]